Время действия: двадцать пять лет с момента заключения перемирия между людьми и машинами. Война окончена, машины больше не пытаются уничтожить людей, правда о Матрице открыта каждому, а тем подключенным, которые хотят вернуться в реальный мир, предоставляется такая возможность без возражений, как и было сказано Архитектором. Только в реальность, которая для людей так и остается промозглой канализацией, возвращаться хочет мало кто. Особенно если учитывать особенность договора о перемирии, в котором указано, что ни одна сторона – ни люди, ни машины, - не имеет права склонять людей оставаться на своей стороне. В итоге реальный мир становится местом затхлым, изживающим себя, а для особо опасных преступников и тяжело больных – последним путем, куда их отправляют, вкалывая им препарат, от которого они даже не просыпаются в реальности, умирая в сливных ямах, куда их тела попадают после отключения. Но, как известно, не все отправившиеся в реальный мир - преступники, и даже не на всех преступников действует препарат для вечного сна. И отключенным, которые выживают, открывается другой Зион – все так же находящийся в канализациях, но строящий планы по восстановлению достойной жизни для людей. Земля становится совсем непригодной для восстановления нормальной жизни, и потому советом Зиона принимается решение разрабатывать экспериментальные корабли, которые могут как бороздить просторы в атмосфере, так и выходить за ее пределы, отправляясь в космос на поиски нового дома для людей. Понравится ли это машинам, которые все еще используют людей как источник питания? Наверняка нет. Хрупкий мир между техникой и человеком рушится, и назревает новая война, которая может затронуть не только Землю, но и космос…